Modul Certifikace umožňuje zapnout certifikaci karet zboží, zákazníků, dodavatelů a zdrojů. Dále se na prodejních a nákupních dokladech provádí kontrola, zda je zákazník či dodavatel uvedený na hlavičce dokladu certifikován a na řádcích zda je zboží či zdroj certifikován. Akce při kterých se kontrola provádí jsou detailně popsány v kapitole funkčnost na dokladech.